Molecular methods in ecology and microbiology

Celem pracowni jest teoretyczno-praktyczne zapoznanie studentów z nowoczesnymi technikami badawczymi w ekologii i mikrobiologii z zastosowaniem technik biologii molekularnej

Wykłady:

- Markery genetyczne: allozymy, mikrosatelity, AFLP, SNP, sekwencje DNA

- Technika PCR

- Sekwencjonowanie DNA: klasyczne i wielkoskalowe

- Metody nieinwazyjne i niedestrukcyjne

- Identyfikacja molekularna: gatunków i mieszańców, bioróżnorodności, osobników, płci, rodzicielstwa

- Ocena zmienności genetycznej populacji czynniki kształtujące zmienność

- Molekularne metody badania przepływu genów i struktury geograficznej populacji

- Wnioskowanie o przeszłości ewolucyjnej populacji na podstawie genealogii genów i filogeografii

- Metody molekularne w genetyce konserwatorskiej

- Monitoring organizmów modyfikowanych genetycznie

- Metody badania doboru naturalnego na poziomie molekularnym

Ćwiczenia:

- Izolacja DNA

- Technika PCR

- Elektroforeza DNA

- Sekwencjonowanie DNA

- Programy do analiz genetyczno populacyjnych

- Bazy sekwencji biologicznych, porównywanie sekwencji kwasów nukleinowych i białek

Literatura obowiązkowa:

Ekologia molekularna Joanna R. Freeland,

Podstawy Inżynierii Genetycznej, Józef Kur

Przykłady analiz DNA, Ryszard Słomski

Literatura uzupełniająca:

Aktualne artykuły w czasopismach naukowych/ witryny internetowe sugerowane przez wykładowcę (linki do artykułów podawane są w trakcie wykładów)

Efekt przedmiotowy 1 (BI2_W01): - Student rozumie pogłębione zjawiska i procesy biologii molekularnej w ekologii, a zwłaszcza strukturę i funkcję komórek, strukturę białek i kwasów nukleinowych, zmienność struktury, jak również techniki doświadczalne stosowane w badaniach i eksperymentowanie z tymi cząstkami

Efekt przedmiotowy 2 (BI2_W03): - Student ma pogłębioną wiedzę w zakresie nauk ścisłych, związanych z ekologią molekularną oraz mikrobiologią molekularną

Efekt przedmiotowy 3 (BI2_W04): - Student ma pogłębioną wiedzę na temat problemów z różnych dziedzin biologii, rozumie ich związki z tematem zastosowaniem biologii molekularnej w ekologii i zna tendencje rozwojowe tej dziedziny

Udział w wykładach: 15 godz.

Udział w ćwiczeniach: 15 godz.

Przygotowanie się do ćwiczeń: 10 godz.

Przygotowanie się do zaliczenia ćwiczeń: 15 godz.

Przygotowanie się do egzaminu: 15 godz.

70/25 ≈ 3 ECTS

Test pisemny - weryfikacja efektów kształcenia poprzez test pisemny częściowo jednokrotnego wyboru, część testu stanowią pytania otwarte.

Ocena końcowa zależy od punktów z testu; aby uzyskać zaliczenie na 3 (dostateczny) - min. 60% wymagane jest , na 4 (dobry) - min. 75%, na 5 (bardzo dobry) - min. 90%.

Obecność na zajęciach - dwie nieobecności na zajęcia są dopuszczone w semestrze, w szczególnych przypadkach (szpital, specjalne losowe wypadki) można zaakceptować trzy nieobecności. Trzy nieobecności - obniżenie oceny o 0,5, więcej nieobecności - zajęcia niepełne, niezaliczone.

Aktywność i przygotowanie do każdych zajęć (możliwość podniesienia oceny o 0,5).

nie dotyczy