Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Biologia molekularna roślin

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WB-BI-EOP-09lab
Kod Erasmus / ISCED: 13.1 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Biologia molekularna roślin
Jednostka: Wydział Biologii i Nauk o Środowisku
Grupy: Przedmioty do wyboru dla II i III roku biologii I stopnia
Punkty ECTS i inne: 0 LUB 2.00 (w zależności od programu) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Dyscyplina naukowa, do której odnoszą się efekty uczenia się:

nauki biologiczne
Poziom przedmiotu:

średnio-zaawansowany
Symbol/Symbole kierunkowe efektów uczenia się:

BI1_U02, BI1_U09, BI1_K01
Wymagania wstępne:

Podstawy z biologii molekularnej i genetyki na poziomie trzeciego roku studiów Biologii lub pokrewnych.
Skrócony opis:

Ćwiczenia polegają na analizie sekwencji, funkcji i struktury białek oraz kwasów nukleinowych za pomocą internetowych baz danych i programów opartych na algorytmach obliczeniowych dedykowanych dla genomiki i proteomiki.
Pełny opis:

Kurs zajęć z przedmiotu „Biologia molekularna roślin” obejmuje wykłady i ćwiczenia. Podczas ćwiczeń, studenci zastosują różne algorytmy konwersji, dopasowania i porównania sekwencji nukleotydów i aminokwasów, skonstruują drzewa filogenetyczne oraz poznają metody obliczeniowe podobieństwa genetycznego sekwencji DNA i białek badanych gatunków roślin za pomocą ogólnodostępnych programów.
Literatura:

Literatura obowiązkowa:

1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.

2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009

3. Bazy danych:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Literatura uzupełniająca:

1. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012

2. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Efekty kształcenia i opis ECTS:

Przedmiotowe efekty uczenia się przypisane do ćwiczeń (4-6)

Efekty przedmiotowe w zakresie umiejętności:

Efekt przedmiotowy 4: Absolwent potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim; czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim

Efekt przedmiotowy 5: Absolwent potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także wykonać zadania badawcze zlecone przez prowadzącego.

Efekty przedmiotowe w zakresie kompetencji społecznych:

Efekt przedmiotowy 6: Absolwent jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin.
Metody i kryteria oceniania:

Ocena z wykładów:

Egzamin testowy, obejmujący materiał z wykładów. Ocena końcowa może być średnią z dwóch ocen z kolokwiów cząstkowych, przeprowadzanych w trakcie trwania kursu.

Egzamin testowy złożony jest z pytań zamkniętych wielokrotnego wyboru oraz pytań typu „prawda/fałsz”.

Warunkiem dopuszczenia do egzaminu końcowego zaliczenie ćwiczeń.

Ocena końcowa:

94 - 100% bardzo dobry (5.0)

88 - 93% dobry plus (4.5)

80 - 87% dobry (4)

70 - 79% dostateczny plus (3.5)

60 - 69% dostateczny (3)

poniżej 59,9% niedostateczny (2)

Za aktywną obecność na wykładach, możliwe jest podniesienie końcowej oceny na wyższą w przypadku, gdy wartość procentowa uzyskana dla średniej z ocen, lub z punktów, wynosi odpowiednio: 58-59% (na ocenę 3); 67-69% (na ocenę 3,5); 77-79% (na ocenę 4); 86-87% (na ocenę 4,5) i 92-93% (na ocenę 5).

Ocena z ćwiczeń:

Ocena z ćwiczeń składa się ze średniej z powstałej z dwóch komponentów: 1) średniej oceny podstawie ocen cząstkowych otrzymywanych w trakcie trwania semestru z kolokwiów i aktywności na zajęciach, oraz 2) oceny z kolokwium końcowego. Ćwiczenia są zaliczane, jeśli student: (i) czynnie uczestniczył w co najmniej 85% zajęć; (ii) pracował na zajęciach w sposób pozwalający pozytywnie ocenić umiejętności i kompetencje społeczne uzyskane w toku zajęć (opisane w sylabusie jako przedmiotowe efekty kształcenia 4-6).

Zakres ocen z zadań i kolokwium końcowego:

94 - 100% bardzo dobry (5.0)

88 - 93% dobry plus (4.5)

80 - 87% dobry (4)

70 - 79% dostateczny plus (3.5)

60 - 69% dostateczny (3)

poniżej 59,9% niedostateczny (2)

Za aktywną obecność na zajęciach, możliwe jest podniesienie końcowej oceny na wyższą w przypadku, gdy wartość procentowa uzyskana dla średniej z ocen, lub z punktów, wynosi odpowiednio: 58-59% (na ocenę 3); 67-69% (na ocenę 3,5); 77-79% (na ocenę 4); 86-87% (na ocenę 4,5) i 92-93% (na ocenę 5).

Umiejętności:

na ocenę 2 (ndst.): Absolwent w ogóle nie potrafi właściwie dobrać źródeł w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, wcale rozumie literatury z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i nie czyta ze zrozumieniem tekstów naukowych w języku angielskim; wcale nie potrafi planować i organizować pracy indywidualnej ani współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także nie potrafi wykonać zadań badawczych zleconych przez prowadzącego

na ocenę 3 (dst.): Absolwent na poziomie podstawowym potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, na poziomie podstawowym rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; na poziomie podstawowym potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także wykonać zadania badawcze zlecone przez prowadzącego

na ocenę 4 (db.): Absolwent na dobrym poziomie potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, dobrze rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; dobrze potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także dobrze wykonuje zadania badawcze zlecone przez prowadzącego

na ocenę 5 (bdb.): Absolwent na bardzo dobrym poziomie potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, bardzo dobrze rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; bardzo dobrze potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także bardzo dobrze wykonuje zadania badawcze zlecone przez prowadzącego.

Kompetencje:

na ocenę 2 (ndst.): Absolwent w ogóle nie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i nie uznaje znaczenia wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin

na ocenę 3 (dst.): Absolwent na poziomie podstawowym jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i wystarczająco uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin

na ocenę 4 (db.): Absolwent na dobrym poziomie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i prawidłowo uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin

na ocenę 5 (bdb.): Absolwent na bardzo dobrym poziomie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i doskonale uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin.
Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/22" (zakończony)

Okres: 2022-02-01 - 2022-06-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Justyna Nowakowska
Prowadzący grup: Justyna Nowakowska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Typ przedmiotu:

obowiązkowy
Grupa przedmiotów ogólnouczenianych:

nie dotyczy
Skrócony opis:

Celem ćwiczeń jest wprowadzenie studenta w aktualnie stosowane metody badawcze w biologii molekularnej roślin, bazujące na komputerowych obliczeniach wielu parametrów genetycznych, głównie z zakresu molekularnej filogenezy, ale też polegają na korzystaniu z internetowymi bazami danych w celu poszukiwania struktury i funkcji na poziomie genomu i proteomu.
Pełny opis:

Wykonywane są ćwiczenia z zakresu:

1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.

2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.

3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.

4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA X.

5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA X.

6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
Literatura:

Literatura obowiązkowa:

1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.

2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009

3. Bazy danych:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Literatura uzupełniająca:

4. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012

5. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Wymagania wstępne:

Ćwiczenia mają charakter zajęć komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem w temat.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2022/23" (zakończony)

Okres: 2023-02-01 - 2023-06-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Justyna Nowakowska
Prowadzący grup: Justyna Nowakowska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
E-Learning:

E-Learning
Opis nakładu pracy studenta w ECTS:

Wykłady:

30h – bezpośredni udział w wykładach

20h – przygotowanie do egzaminu

10h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]


Ćwiczenia:

30 h – bezpośredni udział w ćwiczeniach

10h – przygotowanie i przedstawienie wyników obliczeń

15h – przygotowanie do kolokwium

5h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]
Typ przedmiotu:

fakultatywny dowolnego wyboru
Grupa przedmiotów ogólnouczenianych:

nie dotyczy
Skrócony opis:

Celem ćwiczeń jest wprowadzenie studenta w aktualnie stosowane metody badawcze w biologii molekularnej roślin, bazujące na komputerowych obliczeniach wielu parametrów genetycznych, głównie z zakresu molekularnej filogenezy, ale też polegają na korzystaniu z internetowymi bazami danych w celu poszukiwania struktury i funkcji na poziomie genomu i proteomu.
Pełny opis:

Ćwiczenia obejmują:

1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.

2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.

3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.

4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA X.

5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA X.

6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
Literatura:

Literatura obowiązkowa:

1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.

2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009

3. Bazy danych:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Literatura uzupełniająca:

4. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012

5. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Wymagania wstępne:

Ćwiczenia mają charakter zajęć interaktywnych komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)

Okres: 2024-02-15 - 2024-06-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Justyna Nowakowska
Prowadzący grup: Justyna Nowakowska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
E-Learning:

E-Learning
Opis nakładu pracy studenta w ECTS:

30h – bezpośredni udział w wykładach

20h – przygotowanie do egzaminu

10h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]


Ćwiczenia:

30 h – bezpośredni udział w ćwiczeniach

10h – przygotowanie i przedstawienie wyników obliczeń

15h – przygotowanie do kolokwium

5h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]
Typ przedmiotu:

fakultatywny dowolnego wyboru
Grupa przedmiotów ogólnouczenianych:

nie dotyczy
Skrócony opis:

Celem ćwiczeń jest wprowadzenie studenta w aktualnie stosowane metody badawcze w biologii molekularnej roślin, bazujące na komputerowych obliczeniach wielu parametrów genetycznych, głównie z zakresu molekularnej filogenezy, ale też polegają na korzystaniu z internetowymi bazami danych w celu poszukiwania struktury i funkcji na poziomie genomu i proteomu.
Pełny opis:

Ćwiczenia obejmują następujące zagadnienia badawcze:

1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.

2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.

3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.

4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA 11.

5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA 11.

6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
Literatura:

Literatura obowiązkowa:

1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.

2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009

3. Bazy danych:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Literatura uzupełniająca:

4. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012

5. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Wymagania wstępne:

Ćwiczenia mają charakter interaktywnych zajęć komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.
ul. Dewajtis 5,
01-815 Warszawa tel: +48 22 561 88 00 https://uksw.edu.pl kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0-1 (2024-04-02)