Cardinal Stefan Wyszynski University in Warsaw - Central Authentication System
Strona główna

Molecular biology of plants

General data

Course ID: WB-BI-EOP-09lab
Erasmus code / ISCED: 13.1 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (unknown)
Course title: Molecular biology of plants
Name in Polish: Biologia molekularna roślin
Organizational unit: Faculty of Biology and Environmental Sciences
Course groups: (in Polish) Przedmioty do wyboru dla II i III roku biologii I stopnia
ECTS credit allocation (and other scores): 0 OR 2.00 (depends on study program) Basic information on ECTS credits allocation principles:
  • the annual hourly workload of the student’s work required to achieve the expected learning outcomes for a given stage is 1500-1800h, corresponding to 60 ECTS;
  • the student’s weekly hourly workload is 45 h;
  • 1 ECTS point corresponds to 25-30 hours of student work needed to achieve the assumed learning outcomes;
  • weekly student workload necessary to achieve the assumed learning outcomes allows to obtain 1.5 ECTS;
  • work required to pass the course, which has been assigned 3 ECTS, constitutes 10% of the semester student load.
view allocation of credits
Language: Polish
(in Polish) Dyscyplina naukowa, do której odnoszą się efekty uczenia się:

biological sciences
Subject level:

intermediate
Learning outcome code/codes:

BI1_U02,BI1_U09,BI1_K01
Preliminary Requirements:

Basics of molecular biology and genetics at the level of the third year of Biology or related studies.
Short description:

The exercises consist of the analysis of the sequence, function and structure of proteins and nucleic acids using online databases and programs based on computational algorithms dedicated to genomics and proteomics.
Full description:

The course of classes in the subject "Molecular biology of plants" includes lectures and exercises. During the exercises, students will use various algorithms for the conversion, matching and comparison of nucleotide and amino acid sequences, construct phylogenetic trees and learn computational methods for the genetic similarity of DNA and protein sequences of the plant species under study using freely available programs.
Bibliography:

Compulsory literature:

1. Easy phylogenetic trees. B.G. Hall. Ed. University of Warsaw, Warsaw, 2008.

2. Basics of population genetics. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warsaw, 2009

3. Databases:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Supplementary literature:

1. Molecular biology. Short lectures. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warsaw, 2012

2. On-line softwares: eg ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Efekty kształcenia i opis ECTS: (in Polish)

Przedmiotowe efekty uczenia się przypisane do ćwiczeń (4-6)

Efekty przedmiotowe w zakresie umiejętności:

Efekt przedmiotowy 4: Absolwent potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim; czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim

Efekt przedmiotowy 5: Absolwent potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także wykonać zadania badawcze zlecone przez prowadzącego.

Efekty przedmiotowe w zakresie kompetencji społecznych:

Efekt przedmiotowy 6: Absolwent jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin.
Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

Ocena z wykładów:

Egzamin testowy, obejmujący materiał z wykładów. Ocena końcowa może być średnią z dwóch ocen z kolokwiów cząstkowych, przeprowadzanych w trakcie trwania kursu.

Egzamin testowy złożony jest z pytań zamkniętych wielokrotnego wyboru oraz pytań typu „prawda/fałsz”.

Warunkiem dopuszczenia do egzaminu końcowego zaliczenie ćwiczeń.

Ocena końcowa:

94 - 100% bardzo dobry (5.0)

88 - 93% dobry plus (4.5)

80 - 87% dobry (4)

70 - 79% dostateczny plus (3.5)

60 - 69% dostateczny (3)

poniżej 59,9% niedostateczny (2)

Za aktywną obecność na wykładach, możliwe jest podniesienie końcowej oceny na wyższą w przypadku, gdy wartość procentowa uzyskana dla średniej z ocen, lub z punktów, wynosi odpowiednio: 58-59% (na ocenę 3); 67-69% (na ocenę 3,5); 77-79% (na ocenę 4); 86-87% (na ocenę 4,5) i 92-93% (na ocenę 5).

Ocena z ćwiczeń:

Ocena z ćwiczeń składa się ze średniej z powstałej z dwóch komponentów: 1) średniej oceny podstawie ocen cząstkowych otrzymywanych w trakcie trwania semestru z kolokwiów i aktywności na zajęciach, oraz 2) oceny z kolokwium końcowego. Ćwiczenia są zaliczane, jeśli student: (i) czynnie uczestniczył w co najmniej 85% zajęć; (ii) pracował na zajęciach w sposób pozwalający pozytywnie ocenić umiejętności i kompetencje społeczne uzyskane w toku zajęć (opisane w sylabusie jako przedmiotowe efekty kształcenia 4-6).

Zakres ocen z zadań i kolokwium końcowego:

94 - 100% bardzo dobry (5.0)

88 - 93% dobry plus (4.5)

80 - 87% dobry (4)

70 - 79% dostateczny plus (3.5)

60 - 69% dostateczny (3)

poniżej 59,9% niedostateczny (2)

Za aktywną obecność na zajęciach, możliwe jest podniesienie końcowej oceny na wyższą w przypadku, gdy wartość procentowa uzyskana dla średniej z ocen, lub z punktów, wynosi odpowiednio: 58-59% (na ocenę 3); 67-69% (na ocenę 3,5); 77-79% (na ocenę 4); 86-87% (na ocenę 4,5) i 92-93% (na ocenę 5).

Umiejętności:

na ocenę 2 (ndst.): Absolwent w ogóle nie potrafi właściwie dobrać źródeł w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, wcale rozumie literatury z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i nie czyta ze zrozumieniem tekstów naukowych w języku angielskim; wcale nie potrafi planować i organizować pracy indywidualnej ani współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także nie potrafi wykonać zadań badawczych zleconych przez prowadzącego

na ocenę 3 (dst.): Absolwent na poziomie podstawowym potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, na poziomie podstawowym rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; na poziomie podstawowym potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także wykonać zadania badawcze zlecone przez prowadzącego

na ocenę 4 (db.): Absolwent na dobrym poziomie potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, dobrze rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; dobrze potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także dobrze wykonuje zadania badawcze zlecone przez prowadzącego

na ocenę 5 (bdb.): Absolwent na bardzo dobrym poziomie potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, bardzo dobrze rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; bardzo dobrze potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także bardzo dobrze wykonuje zadania badawcze zlecone przez prowadzącego.

Kompetencje:

na ocenę 2 (ndst.): Absolwent w ogóle nie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i nie uznaje znaczenia wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin

na ocenę 3 (dst.): Absolwent na poziomie podstawowym jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i wystarczająco uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin

na ocenę 4 (db.): Absolwent na dobrym poziomie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i prawidłowo uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin

na ocenę 5 (bdb.): Absolwent na bardzo dobrym poziomie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i doskonale uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin.
Practical placement: (in Polish)

nie dotyczy

Classes in period "Summer semester 2021/22" (past)

Time span: 2022-02-01 - 2022-06-30
Selected timetable range:
Navigate to timetable
Type of class:
Laboratory, 30 hours more information
Coordinators: Justyna Nowakowska
Group instructors: Justyna Nowakowska
Students list: (inaccessible to you)
Examination: graded credit
Type of subject:

obligatory
(in Polish) Grupa przedmiotów ogólnouczenianych:

(in Polish) nie dotyczy
Short description:

The aim of the exercises is to introduce the student to the currently used research methods in molecular biology of plants, based on computer calculations of many genetic parameters, mainly in the field of molecular phylogeny, but also rely on the use of online databases in order to search for structure and functions at the genome and proteome level.
Full description:

The classes consist of computer exercises with the following content:

1. Basic concepts used in molecular biology: UTR, promoter, gene, terminator, differences between DNA, cDNA, RNA, and protein, identification of signal sequences, knowledge of gene databases for Arabidopsis.

2. Analysis of amino acid and nucleotide sequences: annealing, genetic similarity, analysis of homologues, heterologues, and paralogs.

3. Analysis of the sequence, function, location, and structure of proteins using two plant databases: ARAPORT and BAR ePlant.

4. Sequence search, construction of genetic similarity dendrograms, bootstrapping, and grouping probability for amino acid sequences using the algorithmic method in MEGA X.

5. Sequence search, construction of genetic similarity dendrograms, bootstrapping, and aggregation probability for DNA sequences using the algorithmic method in MEGA X.

6. Phylogenesis, dendrogram construction, bootstrapping, and clustering probability for amino acid sequences by the algorithmic method in NCBI-BLAST.

7. Phylogenesis, dendrogram construction, bootstrapping, and clustering probability for DNA sequences using the NCBI-BLAST algorithmic method.
Bibliography:

Compulsory literature:

1. Easy phylogenetic trees. B.G. Hall. Ed. University of Warsaw, Warsaw, 2008.

2. Basics of population genetics. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warsaw, 2009

3. Databases:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Supplementary literature:

1. Molecular biology. Short lectures. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warsaw, 2012

2. On-line softwares: eg ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Wymagania wstępne:

Practices are computer classes, preceded by a short introduction to the subject.

Classes in period "Summer semester 2022/23" (past)

Time span: 2023-02-01 - 2023-06-30
Selected timetable range:
Navigate to timetable
Type of class:
Laboratory, 30 hours more information
Coordinators: Justyna Nowakowska
Group instructors: Justyna Nowakowska
Students list: (inaccessible to you)
Examination: graded credit
(in Polish) E-Learning:

(in Polish) E-Learning
(in Polish) Opis nakładu pracy studenta w ECTS:

(in Polish) Wykłady:

30h – bezpośredni udział w wykładach

20h – przygotowanie do egzaminu

10h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]


Ćwiczenia:

30 h – bezpośredni udział w ćwiczeniach

10h – przygotowanie i przedstawienie wyników obliczeń

15h – przygotowanie do kolokwium

5h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]
Type of subject:

optional with unlimited choices
(in Polish) Grupa przedmiotów ogólnouczenianych:

(in Polish) nie dotyczy
Short description: (in Polish)

Celem ćwiczeń jest wprowadzenie studenta w aktualnie stosowane metody badawcze w biologii molekularnej roślin, bazujące na komputerowych obliczeniach wielu parametrów genetycznych, głównie z zakresu molekularnej filogenezy, ale też polegają na korzystaniu z internetowymi bazami danych w celu poszukiwania struktury i funkcji na poziomie genomu i proteomu.
Full description: (in Polish)

Ćwiczenia obejmują:

1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.

2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.

3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.

4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA X.

5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA X.

6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
Bibliography: (in Polish)

Literatura obowiązkowa:

1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.

2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009

3. Bazy danych:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Literatura uzupełniająca:

4. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012

5. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Wymagania wstępne: (in Polish)

Ćwiczenia mają charakter zajęć interaktywnych komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.

Classes in period "Summer semester 2023/24" (in progress)

Time span: 2024-02-15 - 2024-06-30
Selected timetable range:
Navigate to timetable
Type of class:
Laboratory, 30 hours more information
Coordinators: Justyna Nowakowska
Group instructors: Justyna Nowakowska
Students list: (inaccessible to you)
Examination: graded credit
(in Polish) E-Learning:

(in Polish) E-Learning
(in Polish) Opis nakładu pracy studenta w ECTS:

(in Polish) 30h – bezpośredni udział w wykładach

20h – przygotowanie do egzaminu

10h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]


Ćwiczenia:

30 h – bezpośredni udział w ćwiczeniach

10h – przygotowanie i przedstawienie wyników obliczeń

15h – przygotowanie do kolokwium

5h – konsultacje

Razem: 60h [60/30=2 ECTS]
Type of subject:

optional with unlimited choices
(in Polish) Grupa przedmiotów ogólnouczenianych:

(in Polish) nie dotyczy
Short description: (in Polish)

Celem ćwiczeń jest wprowadzenie studenta w aktualnie stosowane metody badawcze w biologii molekularnej roślin, bazujące na komputerowych obliczeniach wielu parametrów genetycznych, głównie z zakresu molekularnej filogenezy, ale też polegają na korzystaniu z internetowymi bazami danych w celu poszukiwania struktury i funkcji na poziomie genomu i proteomu.
Full description: (in Polish)

Ćwiczenia obejmują następujące zagadnienia badawcze:

1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.

2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.

3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.

4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA 11.

5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA 11.

6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
Bibliography: (in Polish)

Literatura obowiązkowa:

1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.

2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009

3. Bazy danych:

http://www.expasy.org/tools/dna.html

https://www.araport.org/eplant

http://bar.utoronto.ca/eplant

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Literatura uzupełniająca:

4. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012

5. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT
Wymagania wstępne: (in Polish)

Ćwiczenia mają charakter interaktywnych zajęć komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by Cardinal Stefan Wyszynski University in Warsaw.
ul. Dewajtis 5,
01-815 Warszawa tel: +48 22 561 88 00 https://uksw.edu.pl contact accessibility statement mapa serwisu USOSweb 7.0.4.0-1 (2024-05-13)